16岁的少年三栗智和在某个夜晚做了个奇怪的梦。在这个未曾见过的梦世界里，看到一个少女在和敌人战斗。在那个梦世界智和有着不可思议的力量，并给予少女那个力量来击退敌人。智和就在这种迷惑下醒来，并且感到吃惊的是，醒来后发现梦中出现的少女就出现在自己旁边。除了神秘的美少女“莫奈”以及生活在一起的堂姐妹千条七濑与千条九叶，还有就是从小青梅竹马的水月，现实在梦世界的战斗现在从这里开始！...

真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。　　但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。　　为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗──　　在激战的彼端，等待着他的是……...

在熏风高中上学的纯朴少年小山田耕太，迎来了来到城市后的第一个暑假。　　这也是和学园的园花、也是狐妖的源千鹤交往后的第一个夏天。　　浑身洋溢着轻松感的日子——耕太和千鹤，还有伙伴们，接下来将会有怎样一番经历呢？...