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美国主要城市遭国际恐怖组织发动攻击，迫使美国宣布戒严。空军舰队搭配无人自动机械巡逻系统，对民众进行监督反恐。某天，一名巡逻机驾驶赫然发现自己因宗教信仰而被列为监测对象，因此他私自存取高机密资料，并带着妹妹逃入红区寻求庇护。深怕机密资料落入敌人之手的美军高层，决定下达密令即刻追缉......

寇克等人作为嘉宾乘新企业号试航，途中收到救援任务……而在另一时空，索伦博士正阴谋毁灭星球，攻击企业号。唯一能够帮助新船长皮卡特来阻止索伦的，只有销声匿迹了78年的寇克船长。...